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《玉米品种纯度鉴定：InDel分子标记法》团体标准发布
玉米品种 纯度鉴定 InDel分子标记法 团体标准
2023/11/24
2023年6月1日，中国作物学会发布了团体标准《玉米品种纯度鉴定：InDel分子标记法》（T/CROPSSC 002-2023），这是中国作物学会组织制定的首个涉及分子鉴定方法的团体标准，将对我国玉米品种生产、加工及鉴定产生重要影响。
旨在利用重测序技术分析狮头鹅基因Indel差异并探讨其产蛋调控通路。本研究选用产蛋量有差异的成年狮头鹅和吉林白鹅母鹅各5只，采用全基因组重测序方法，对两个品种基因组水平的插入缺失突变情况进行比较分析。结果表明，测序共得到350.35 Gb数据，其中Q20与Q30平均值分别为96.74%、92.19%；通过注释分析发现了748 821.2个Indel变异位点。10只试验鹅的Indel位点在编码区（C...
基于高通量测序的大麦InDel标记开发及应用
大麦 重测序 InDel标记 品种鉴定
2020/12/31
分子标记是遗传研究的基础工具, 广泛应用于遗传多样性研究、种质鉴定、遗传图谱构建和基因定位等领域。本研究基于大麦的全基因组重测序数据鉴定出的二态性SNP位点, 开发出遍布全基因组的118对InDel引物。以49份不同地理来源的大麦种质检测其有效性, 筛选出2个等位基因的共显性InDel标记72对, 进一步对288份大麦种质进行遗传距离分析及构建系统发育树。结果显示, 筛选到32个有效性的核心InD...
基于InDel 标记的茄子种质资源遗传多样性分析
茄子 InDel 标记 遗传多样性 聚类分析
2021/3/3
用19 对InDel 标记对来自国内外的46 份茄子种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：19 对InDel 标记的多态性信息含量（PIC）范围在0.48～0.66 之间，均值为0.59。46 份茄子种质资源的遗传相似系数在0.32～1.00 之间，均值为0.70，说明46 份茄子种质资源之间的遗传差异不大，遗传基础相对狭窄。利用UPGMA法进行聚类分析，在遗传相似系数为0.66 处，将46份茄子...
对栽培和野生中国樱桃进行De novo基因组测序和比对，在全基因组范围内检测筛选出50 617个InDel位点，并挑选均匀分布的200个标记进行验证，其中，27个标记在中国樱桃种内表现出多态性。利用多态性标记，对不同来源的192份中国樱桃（168份栽培和24份野生）种质进行基因型分型，共检测到60个等位基因（Na），平均每个标记2.2个；基因多样性指数（Hs）为0.010 ~ 0.500，平均0....
InDel Marker Based Estimation of Multi-Gene Allele Contribution and Genetic Variations for Grain Size and Weight in Rice (Oryza sativa L.)
Insertion/Deletion (InDel) markers genetic variation multi-gene allele contributions rice (Oryza sativa L.), grain size and weight rice germplasm
2023/8/9
The market success of any rice cultivar is exceedingly dependent on its grain appearance, as well as its grain yield, which define its demand by consumers as well as growers. The present study was und...
花生栽培种InDel有效标记筛选与评估
花生 InDeI标记 多态性
2020/3/2
为获得花生栽培种中有效的InDel标记,本研究基于花生简化基因组检测到的InDel信息,经PCR扩增以及电泳检测验证引物的有效性与多态性,利用生物统计学软件检测InDel标记的多态性水平。结果表明,在花生基因组上设计的39对引物在覆盖4个植物学类型的21份花生中均可获得扩增产物,其中14对引物具有多态性,为总引物数的35.9%,有3对引物位于基因编码区;Shannon指数为0.191 4~1.29...
以207株‘金冠’与‘富士’苹果的F1杂交分离群体实生树为试材，挑选抗炭疽菌叶枯病基因Rgls位点区域内的，第15条染色体上，位于SSR标记S0304673和S0405127之间500 kb物理距离内，由全基因组重测序技术所获得的与抗该病相关的10个SNP及10个InDel标记，通过高分辨率熔解曲线（High Resolution Melting，HRM）技术筛选出与基因Rgls位点紧密连锁的2个...
西瓜枯萎病生理小种1抗性QTL精细定位与InDel标记开发
西瓜 枯萎病生理小种1 QTL精细定位 InDel标记
2017/11/24
通过QTL初定位检测栽培西瓜枯萎病生理小种1抗性的主效QTL，验证枯萎病抗性基因Fon-1的存在，结合亲本重测序信息开发紧密连锁易于检测的InDel (insertion/deletion)分子标记，为西瓜枯萎病分子标记辅助育种提供技术支撑，并实现该QTL的精细定位，加速Fon-1的克隆和功能验证进程。【方法】以高抗枯萎病的栽培西瓜‘ZXG01478’和高感病的栽培西瓜‘14CB11’为亲本构建的...
采用Super BSA 方法分别构建100 份粉红色番茄材料和100 份红色番茄材料的DNA 混合池，对测序结果的SNP 位点进行分析。结果表明：在1 号染色体上的127 个SNP 位点中，有6 个与番茄果实颜色高度相关，其中1 个位点与粉红色果实高度相关。利用该SNP 位点开发了1 个共显性dCAPS 标记，在红色、粉红色和杂合F1 3 种基因型之间的多态性较好。同时，利用番茄重测序数据分析番茄...
根据黄瓜白粉病抗性主效基因/QTL 的插入/ 缺失突变，将其设计成共显性的InDel 分子标记。通过群体连锁分析，发现InDel-MLO1 标记与黄瓜白粉病抗性主效基因共分离。应用该标记对24 份来自世界各地且白粉病抗性已知的黄瓜材料进行抗性验证，21 份材料的抗性表型与标记的带型一致，说明在黄瓜进化和驯化过程中，造成抗病表型的该插入/ 缺失突变发生普遍。因此，该InDel 标记适合于大多数黄瓜材...
Imputation accuracy of bovine spongiform encephalopathy-associated PRNP indel polymorphisms from middle-density SNPs arrays
BSE cattle indel prion gene
2015/7/3
Statistical methods of imputation allow predicting genotypes of markers (which were not genotyped in the whole population) based on known linkage disequilibrium relationships between the flanking poly...
利用InDel标记鉴定水稻育种材料的籼粳属性
InDel 分子标记 籼粳鉴定 水稻
2013/9/3
准确高效鉴定水稻材料的籼粳属性对于开展水稻籼粳亚种间杂种优势利用有着重要意义。利用19对基于籼稻(9311)和粳稻(日本晴)全基因组DNA序列比对获得的差异片段而设计的特异插入/缺失(Insertion/Deletion,InDel)引物,对48份育种上常用的籼稻、粳稻和中间型材料(品种)进行了InDel标记的籼粳属性分析,利用DNA样品在这19对InDel位点上的籼型或粳型基因频率,结合聚类分析...
白菜型油菜和菜薹的InDel 标记开发及其RILs群体遗传连锁图谱的构建
菜薹 油菜 白菜 插入/缺失
2012/10/16
通过白菜型油菜‘R-O-18’和菜薹‘L58’的基因组重测序数据与白菜基因组的参考序列（‘Chiifu-401-42’的基因组序列）的比对，在全基因组范围内检测到了18 479 个短插入缺失变异位点（≤5 bp）。从中挑选了500 个插入/缺失片段为4 ~ 5 bp 的InDel 变异位点，将其设计成InDel 分子标记并进行试验验证，结果有452 个标记通过PCR 扩增出单一条带，但仅有106 ...