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针对抗肿瘤小分子药物靶向性差、疗效低和毒副性大等缺陷，我们以Y型分子筛（YMS）为基体、阿霉素（DOX）为药物模型，通过pH调控，借助氢键和范德华力等物理作用力制备得到高负载Y型分子筛纳米药物体系（YMS-DOX）。采用UV-Vis、FT-IR、粒径和电位测试及荧光光谱证实YMS-DOX成功制备，且DOX的负载率可高达99.61%。体外药物释放测试发现YMS-DOX具有pH响应释放特性，在肿瘤环境...
应用ABEEM/MM力场探究Na+与氮-甲基乙酰胺及水的相互作用
钠离子 氮-甲基乙酰胺 可极化力场
2019/1/14
应用量子化学方法MP2/6-311++G（d，p）//B3LYP/6-31+G（d，p）和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场（ABEEM/MM），对[Na（H2O）n]+（n=3~8），[Na（NMA）n]+（n=3~8）和[Na（NMA）n（H2O）m]+（n+m=4，6）（NMA=氮-甲基乙酰胺）体系的结构、结合能和电荷分布进行研究.在计算结果的基础上，构建上述体系的ABEEM/MM可极化势能...
以表皮生长因子Ⅲ型突变体（EGFRvⅢ）抗原多肽与其抗体（MR1）及其人源化突变体的复合物结构为出发点，采用分子动力学中的6种常用力场及3种常用溶剂水模型，分别对上述抗原-抗体复合物进行100 ns的分子动力学模拟与分子力学和连续介质模型计算自由能（MM-PBSA），并在实验上利用等温滴定量热（ITC）仪测定了抗原和抗体相互作用的热力学参数. 通过在结构变化、能量变化及野生型与突变体比较等几个方面...
Multiscale QM/MM Molecular Dynamics Study on the First Steps of Guanine-Damage by Free Hydroxyl Radicals in Solution
Multiscale QM/MM Molecular Dynamics Study First Steps Guanine-Damage Free Hydroxyl Radicals Solution
2012/2/29
Understanding the damage of DNA bases from hydrogen abstraction by free OH radicals is of particular importance to reveal the effect of hydroxyl radicals produced by the secondary effect of radiation....
应用新一代可极化分子力场——原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场ABEEM/MM,结合精密量子化学方法, 构建了精确的Mn2+-H2O 相互作用的势能函数, 确定了相关参数.将该势能函数用于计算[Mn(H2O)n]2+(n=1~12)的结构和结合能, 得到了与量子化学一致的结果. 进一步对Mn2+水溶液进行ABEEM/MM 动力学模拟, 得到的Mn2+–O 径向分布函数的第一和第二最高峰分别处于0....
利用磁控溅射法制备了Pd/Mm(Mischmetal)混合稀土薄膜,采用X射线衍射、AFM及循环伏安和交流阻抗谱等电化学测试技术研究了Pd/Mm稀土薄膜的晶体结构、表面形貌及其在KOH溶液中的电化学行为.结果表明,Pd/Mm薄膜表面的Pd层由纳米级的孤岛状颗粒构成,颗粒大小为100～200 nm.循环伏安法研究表明,氢的电化学氧化和还原均通过表面Pd金属层进行.Pd/Mm稀土薄膜电极的交流阻抗图由...
微过氧化物酶水溶液的ABEEM/MM动力学模拟
ABEEM/MM浮动电荷分子力场 微过氧化物酶 血红素 构象 分子动力学模拟
2009/12/28
应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM), 对微过氧化物酶水溶液进行了分子动力学模拟. 研究了水溶液对微过氧化物酶的结构, 血红素的皱裂构象以及轴配体咪唑基的取向的影响. 结果表明, 在水溶液中微过氧化物酶的骨架氨基酸是稳定的, 而血红素的皱裂构象在水分子的作用下趋于平面. 与血红素轴配体咪唑基键连的组氨酸决定着咪唑基的空间取向, 而咪唑基与血红素侧链的丙酸基的静电作用对其取向仅...
用精密从头算方法研究了(H2O)11的9种低能异构体的性质, 包括优化的几何结构、结合能、偶极矩和氢键个数等, 并且得出了515-a是(H2O)11的全局最低能结构. 同时, 也用ABEEM/MM(atom bond electronegativity equalization method/molecular mechanics) 模型研究了这些性质, 与从头算的结果进行了比较, 得到了相符合...
ABEEM/MM浮动电荷力场应用于血红素结构的研究
ABEEM/MM力场 血红素 几何结构 构象能 电荷分布
2009/11/13
运用拟合的参数, 应用ABEEM/MM浮动电荷力场对血红素分子结构进行了模拟. 结果表明, 该力场与CHARMM力场相比, 能更好地模拟晶体结构. 计算的ruffing构象能与B3LYP/6-31G*计算结果的线性相关系数在0.98以上, 同时表明血红素分子中twist-angle对ruffing构象具有明显影响. ABEEM/MM力场计算的细胞色素c552中血红素分子的电荷分布与CHARMM固定...
应用MM/PBSA方法研究了CDK2活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体结合自由能的影响. 结果表明, 活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体相互作用自由能有一定的贡献, 其贡献的大小随配体不同而有所差异, 导致这种差异的主要原因是活性位点内溶剂水分子与蛋白残基和配体之间形成了不同的氢键相互作用网络.
摘要 应用原子－键电负性均衡方法融合进分子力场（ABEEM/MM）对Co3+水溶液在室温（298.15K）时进行了细致的分子动力学模拟研究。通过模拟获得了Co3+水溶液的各种性质，例如：静态性质，包括径向分布函数，角度分布函数，ABEEM电荷分布，水分子的结构和平均氢键个数等；动力学性质，包括扩散系数和振动光谱；和溶剂化能等热力学性质。结果表明，ABEEM/MM模型能够较准确地描述Co3+水溶液的...
摘要 运用我们建议的SC-HMO方法优化了有机共轭烯烃的DELPHIMM力场。将优化所得力场和参数用于计算各类型101个共轭化合物的分子几何构型、生成热、偶极矩和IR频率等, 结果可与MM3法相比。
血红素近轴侧基氢键的ABEEM/MM分子动力学模拟
ABEEM/MM力场 动力学模拟 血红素 咪唑基 氢键
2010/1/22
应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟. 结果表明, 血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键, 该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用, 而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系. 同时表明, 血红素轴配体的柔性与其邻近的氨基酸和咪唑体积有关.
应用ABEEM/MM 模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n (n=11~16)的各种性质,如：优化的几何构型, 氢键个数, 结合能, 稳定性, ABEEM 电荷分布, 偶极矩, 以及结构参数、平均氢键个数和强度, 增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡出现在n=12的水分子团簇中,随着类似于笼状结构特点的不断增强,五元环的富集程度有所增加.