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搜索结果: 1-15 共查到计算机科学技术基础学科 DNA相关记录37条 . 查询时间(0.25 秒)
DNA computing is a discipline that aims at harnessing individual molecules at the nano-scopic level for computational purposes. Computation with DNA molecules possesses an inherent interest for resear...
提出一种高通量DNA序列数据的压缩算法.该算法先采用码书索引变换模型,将传统码书索引值的表示方法变换成由四个标准碱基字符替代的四进制数值方式,并采用一种界定替换串与非替换串的简明编码方法,接着通过信息熵的大小来决定是否进行块排序压缩变换(BWT),最后进行前移编码变换和Huffman熵编码.在多种测序数据集上的实验结果表明,CITD在大多数情况下可以获得比本文所对比的高通量DNA专用压缩方法更优的...
本文提出了一种利用DNA纳米金颗粒共聚体的自组装过程解决图论中一个NP完全问题-连通度问题的DNA计算方法,构建了解决图的连通度问题的三维DNA自组装计算模型.根据设计的算法,首先需要根据具体的图的连通度问题设计用于自组装的DNA纳米金颗粒共聚体,然后根据算法经过一系列实验设计来求解连通度问题.本文利用Visual DSD仿真该实验的可行性,为下一步DNA自组装计算模型的应用提供了可行的方案.
首次提出用DNA表面计算模型来解决无向图哈密尔顿回路问题。该模型基于哈密尔顿回路问题的解空间,将问题解空间的DNA分子固定在固体载体上,对其进行荧光标记,然后通过相应的生化反应筛选出哈密尔顿回路问题的所有解。与已有的哈密尔顿路径问题的其它模型相比,新模型具有错误率低,编码简易,读取方便等更好的性能。
基于粘贴模型的巨大并行性,分别给出了线性全排列和圆周全排列问题的粘贴DNA算法;分析了两类问题的DNA算法的不同之处;通过一个实例给出了实验操作步骤,并对生化实验进行了模拟,得出了正确的结果,从而证明了算法的可行性。最后,对算法的操作复杂度进行了分析。
针对国际数据加密算法(IDEA)密码的特点,提出一种基于DNA计算的粘附子模型的IDEA密码系统攻击方法。该方法使用已知明文进行攻击,采用DNA储存链编码各种可能的密钥与已知明文,通过组合、分离、设置、清除4种操作筛选出密钥,由凝胶电泳确定密钥的具体值。该攻击方法所需的数据量仅为一组明文密文对,时间复杂度为O(n2)。
针对RSA公钥密码体制的陷门库特点,提出一种新的DNA计算模型:并类计算模型,阐述基于该模型的RSA密码系统的攻击方法。该方法采用DNA分子编码陷门库与公钥,通过组合、设置、分离、清除等操作筛选出陷门,由电泳确定陷门的值,再用陷门计算私钥的值。该方法所需的时间复杂度为O(1bn)3,DNA分子的体积不超过1 m3。
提出一种混合遗传算法。该算法从微观策略和宏观遗传策略两方面考虑,在微观方面将DNA计算引入到交叉算子和变异算子中;在宏观方面提出一种以遗传算法流程为基础,引入改进的小生境模拟退火操作,构造合理的混合框架。典型算例的实验结果表明,该算法有效,收敛性好。
针对求解DNA杂交测序(SBH)问题的相关算法存在解的精度不高及收敛速度慢等问题,建立SBH问题的数学模型,从中抽取启发式信息,提出一种改进的并行蚁群优化算法(IPACO),并将其应用到DNA杂交测序问题中。仿真实验结果表明,该算法解的精度和收敛速度均优于普通串行蚁群算法、禁忌搜索算法和进化算法。
数据结构的设计对DNA计算机的具体实现有重要研究价值。提出了DNA计算机中基于顺序存储方式的二叉树数据结构的设计方法,该方法利用DNA分子和限制性内切酶的生物特性,完成二叉树的顺序存储结构和基本操作。其中用到的生物技术在实验室中都能实现。为了验证方法的可行性,给出了一个二叉树的DNA编码及仿真实例,仿真结果表明该二叉树设计方法在DNA计算机中切实可行。
提出DNA计算机中图数据结构的一种设计方法,给出具体的存储结构以及深度优先搜索遍历的算法。该算法实现了在DNA计算机下图元素的遍历。为证明其可行性,给出一个具体的算法实例,描述了DNA计算机上的运行机制。依据分子生物学的理论,证明算法是有效且可行的。
构造了用于DNA编码序列过滤的函数,并给出了DNA序列编码的算法,采用该文设计的过滤函数和算法所得到的DNA编码序列,能够满足一定的组合约束条件,并满足一定热力学条件,大大提高了DNA编码字的质量,有利于提高DNA计算的可靠性。
通过讨论DNA计算的生物机理和表面DNA计算中的荧光标记策略的基本原理,利用表面DNA计算的思想,对数理逻辑中的命题推理进行了研究,给出了一种合适的DNA编码策略,提出了一种新的对一般的命题公式的推理算法。新方法利用荧光猝灭技术,通过观察表面DNA分子链中猝灭程度来排除非可行解。最后通过事例分析了算法的基本过程,说明了该方法的普适性和可行性。
为了能更好地研究和保护甲骨文,设计了一种适合DNA计算机的甲骨文编码方式,并据此提出了进行甲骨文检索的粘贴DNA算法。根据DNA双链分子具有双螺旋结构的特性,甲骨文标准字库的编码和待检索文字的编码采用了互补的方式,以利于生化操作的执行。仿真结果表明该算法具有可行性和有效性。
三维集装箱装载是一个复杂的组合优化问题,约束条件多,属于NP完全问题,求解难度大.在考虑方向性约束和稳定性约束的情况下,提出了一种DNA遗传算法(DNA-GA),给出了有效的编码和解码方法。实例计算结果表明,利用DNA-GA解决装箱问题是行之有效的一种方法,对推广DNA计算在求解NP难解问题中的应用具有一定的意义。

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